Das Interdisziplinäre Zentrum für Geschlechterforschung funktioniert als interdisziplinäres und interfakultäres Netzwerk von Angehörigen der Universität Bern, die sich in den Gender Studies engagieren. Institutionell ist es dem Generalsekretariat der Universität Bern angegliedert. Die fachlich-wissenschaftliche Aufsicht liegt bei einem interfakultär zusammengesetzten Wissenschaftlichen Beirat. Er nimmt in enger Zusammenarbeit mit dem Direktorium die strategische Leitung wahr.
Präsidiert wird der wissenschaftliche Beirat des IZFG von Prof. Dr. Sabine Strasser, Vizepräsidentin ist Prof. Dr. Carolin Schurr (Stand August 2024).